EIP-l on neli juhtorganit (nimetatud EIP põhikirjas).
Juhatajate nõukogu
Juhatajate nõukogu määrab kindlaks EIP üldised suunised.
Direktorite nõukogu
Direktorite nõukogu vastutab panga strateegilise juhtimise eest.
Halduskomitee
Halduskomitee vastutab EIP igapäevase juhtimise eest.
Auditikomisjon
Auditikomisjon kontrollib panga tegevuse nõuetekohasust.